La pastorale à Saint-Jacques se décline tout au long de la scolarité, et ce dès la 6e avec une heure de culture religieuse par semaine en classe de 6e. Tous les jeunes passent par cette classe de découverte. On y apprend particulièrement le vivre ensemble et l'Histoire des religions. C'est à partir de la classe de 5e que la pastorale est proposée avec 1h tous les 15 jours.
Au lycée, plusieurs pèlerinages sont proposés notamment en seconde avec le Pèlerinage diocésain avec le Train Rose où il y a la possibilité de partir aux services des malades à LOURDES au mois de juin. En première il s'agit du PÈLERINAGE À TAIZÉ en Bourgogne dans la communauté oecuménique des frères de Taizé.
Certaines années, l'Institution Saint Jacques propose une étape de 10 jours sur les chemins de Saint-Jacques de Compostelle, où des entrainements sont prévus toute l'année sur les Chemins des Flandres.
Enfin, les jeunes de Terminale sont invités à vivre la retraite des terminales.
Tous les lycéens sont invités à rejoindre les grands rassemblements diocésains (fête du Christ Roi, concerts, séjours, pèlerinages...) et le parcours Confirmation du lycée. Ils sont aussi mis en responsabilité lorsqu'ils accompagnent les jeunes de 5e dans le cadre du parcours profession de foi.
Finalement, au fil de l'année, les jeunes se retrouvent lors des célébrations dans la chapelle et pour de nombreuses actions de solidarité dans le respect des convictions de chacun.